Elsa Mahlers langjähriges Wirken in Basel hinterliess vielfältige Spuren. So ist beispielsweise ihr zu verdanken, dass Teile des Nachlasses der berühmten russischen Dichterin Marina Ivanovna Cvetaeva in Basel zu finden sind.
Auch Elsa Mahlers eigener Nachlass befindet sich in Basel. Dokumente von und über Elsa Mahler sind im Handschriftenmagazin der Universität Basel einsehbar. Besonders bemerkenswert sind die 613 Tondokumente, die Elsa Mahler der Nachwelt hinterlassen hat und die digital abrufbar sind. Es handelt sich grösstenteils um Volkslieder aus dem Pečory-Gebiet, die Elsa Mahler mit damals sehr innovativer Technik festgehalten hat.
An die erste Slavistikprofessorin Basels erinnern noch heute ihre ehemaligen Wirkstätten, die Universität Basel und das Slavische Seminar. Das Slavische Seminar führte 2011 sogar eine Ausstellung zu Elsa Mahler durch. Die Broschüre zur Ausstellung fasst viele wichtige Informationen zu Elsa Mahler zusammen und gibt auch Einblick in spannende Quellen.
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